Die Geschichte spielt in der Gegenwart oder in der nahen Zukunft, aber in einer anderen Welt Die Sowjetunion und den Katlen krieg gibt es noch und zwischen agiert die geheimnisvolle Söldnertruppe Mytrhil, die über über Waffen und Technologiegen besitzen, wo andere staaten bisjetzt geträumt haben,sie sind ihnen Jahrzente vorraus. Die Whipered eine spezielle Gruppe von Menschen , die tief in ihrem Unterbewusstsein über informationen über die schwarze Technologie besitzen. Ihr Potenzial ist kaum abzuschätzen.Klar ist, dass alle möglichen Leute hinter den Whispered her sind. In Full Metal Panic geht es nur um zwei von ihnen, die temperamentvolle, sportliche japanische Oberschülerin Chidori Kaname und die zurückhaltende Europäerin Teresa Testarossa, die von Mythril befreit und aus den klauen der Terroristen befreit wurde und dann zur Kommandantin des mächtigsten Ubootes wir Tuathan de Danaan wird. Die Organisation Mythril befürchte, dass Kaname, etwas zustößen kann und wollen das verhindern, da sie als Whispered die Aufmerksamkeit von finteren Gestalten auf sich lenkt. Und von der Organisation wird ihr ein junger Mann namen Sagara Sousoku zur Seite stellt, der als Soldat und Beschützer ein Genie, und als Mensch ein Trottel der Kaname langsam in den Wahnsinn treibt und das leben rettet. Kaname revanchiert sich , indem sie ihm das Leben auch ein oder zweimal rettet und ansonsten versucht sie ,ihm Menschenverstand beizubringen.