MegaMan NT Warrior spielt im Jahre 20xx, während der Cyber-Revolution. Jeder Einwohner aus Den Tech City besitzt ein PET (Tragbares Terminal), die ein NetNavi entählt. Dieser NetNavi hat die gleichen Charakteristken, auch die Wesenzüge sind gleich doch der NetNavi ist mit technischen Kräften ausgestattet. Jeder NetNavi hat einen eigenen Namen wie z.B. der NetNavi von Lan MegaMan heisst. Diesen NetNavi können die Besitzer in die Cyber Welt einklicken in dem sie den PowerStecker vom Tragbaren Terminal in ein spezielles dafür angefertigte „Steckdose“ stecken. World Three ist eine kriminelle Organisation die das Internet unter deren Kontrolle bringen will, doch Lan will dies mit Hilfe seines NetNavis verhindern.