Narutos Geschichte beginnt mit einem Rückblick vor 12 Jahren, denn vor 12 Jahren wütete ein Neunschwänziges Fuchsungeheuer in das Dorf Konohana. Alle Ninja wollten das Ungeheuer bezwingen, doch keiner schaffte es bis der Hokage des Dorfes zu Hilfe kam. Er war der stärkste Ninja im Dorf und auch der Oberhaupt. Er schaffte es mit Hilfe einer Nabel von einem Kleinkind das Ungeheuer zu verbannen, aber nicht zu besiegen. Er selbst starb bei dieser Aktion. Das Ungeheuer war nun eingesperrt in ein Kleinkind namens Naruto und konnte auch nicht mehr entfliehen. Nach 12 Jahren beginnt die richtige Geschichte. Naruto treibt wie oft Unsinn, indem er Hokage-Felsen bemalt, in diesen Felsen sind die 4 Bisherigen Hokagu zu sehen, jetzt führt der dritte Hokagu da der vierte ums Leben kam. Meister Iruka bestrafte Naruto da er durch das Gemahle seine Ninja Akademie schwänzte, und das war schon sein drittes Jahr auf der Akademie. Das war Naruto schnuppe und er trieb weiterhin Unsinn. Dies war auch der Grund weshalb er wieder mal durch viel und kein Ninja wurde. Meister Iruka riet ihm er solle das Buch mit den sieben Siegeln klauen und die dort enthaltenen Künste lernen, dann würde er ganz sicher die Prüfung bestehen. Mizuki verrät Naruto, dass das Buch Verboten ist, deshalb jagt das ganze Volk Naruto. Iruka findet Naruto total erschöpft und geschwächt am Boden. Dann taucht ganz plötzlich Mizuki auf und greift Iruka an. So begann ein Kampf, doch Iruka hatte keine Chance, er war schon geschwächt, Mizuki erzählte Iruka auch das Naruto nur ein Ungeheuer sei, nämlich das Neunschwänzige Ungeheuer, doch Iruka hat trotzdem Respekt vor Naruto und haltet ihn trotzdem für einen Menschen. Dies hörte Naruto auch denn er saß an einem Baum in der Nähe, nun verstand auch Naruto einiges und er kam Iruka zur Hilfe. Mizuki hatte Iruka schon fast bezwingt, doch dann sprang Naruto ins Geschehen und schaffte es irgendwie 1000 Schatten-Doppelgänger von sich zu erschaffen und so konnte er auch Iruka retten und wurde zum Ninja, denn die Prüfung zum Ninja werden bestand darin einen Schatten-Doppelgänger von sich zu erschaffen. Nach dieser Aktion hat sich die Lage im Dorf um einiges gebessert. Die frischen Ninja’s aus der Ninja-Academy wurden in drei Gruppen eingeteilt. Es gab auch eine andere Gruppe, Jo-Nin (Ober Ninja). In Narutos Gruppe waren Sakura (seine Geliebte) und Sasuke (sein Erzrivale). Deren Meister wurde Kakashi, seine Aufgabe war es die Truppe auszubilden. Sie haben alle drei noch eine kleine Prüfung absolviert und wurden von da an als Ninja’s akzeptiert. Und so begann auch schon der Traum von Naruto irgendwann einmal Hokage des Dorfes zu werden.