Im Jahr 2015, 15 Jahre nach dem „Second Impact“,wobei die Hälfte der Erdbevölkerung starb,tauchen neue Feinde auf. Viele Kampftruppen,sogenannte „Engel“,kommen vom Himmel und um sich vor den Angreifern zu schützen erfindet und baut die NERV Evangelion eine Kampfmaschine,den Roboter Evangelion, von dem im Jahr 2015 schon 3 einsatzfähig sind. Die drei besten Piloten der EVAs,Rei Ayanami,Asuka Sohryu-Langley und Shinji Ikari wurden ausgewählt. Sie wurden alle drei nach dem „Second Impact“ geboren und die all die Hoffnung auf eine bessere Zukunft wurde ihnen anvertraut.