Nina Scroll ist wie Kenshin eine Samuraigeschichte und handelt von einem Samurai namens Jubei Kibagami der quer durch alle Länder reist und viele Aufträge annimmt. Eines Tages wird ein Dorf in Japan wegen einer Seuche fast gänzlich ausgerottet was dazu führt,dass ein Ninja Clan losgeschickt wird um herauszufinden woher die Seuche ihren Ursprung nahm. Jubei befindet sich währenddessen auch auf dem Weg in das Dorf wo er Kagero,einen wunderschönen weiblichen Ninja der ein Mitglied im Ninja Clan ist,vor einer Vergewaltigung rettet. So finden die beiden irgendwie den Weg zueinander und bekämpfen die Gegner zusammen,wobei sie sich immer näher kommen ...